在研究施工合同条款的过程中，应重点注意以下影响工程结算的问题：
一、中标之后发现清单漏项问题
通常，投标报价之前留给施工企业的时间非常有限，所以常会发生中标之后又发现清单仍存在漏项的情况，这时对于是否属于清单漏项，可能会是发承包双方争议的焦点，所以对此问题应该作具体分析。衡量清单漏项与否的标准，应当是设计施工图纸和《计价规范》的五个附录。若施工图表达出的工程内容，在《计价规范》的某个附录中有相应的“项目编码”和“项目名称”，但本清单并没有反映出来，则应当属于清单漏项；若施工图表达出的工程内容，在《计价规范》附录的任何地方均没有反映，而且是应该由清单编制者进行补充的清单项目，则也属于清单漏项；若施工图表达出的工程内容，虽然在《计价规范》附录的“项目名称”中没有反映，但在本清单已经列出的某个“项目名称”包含的“工程内容”中有所反映，则不属于清单漏项，而应当作为主体项目的附属项目，并入综合单价计价。
二、清单项目或数量的变化问题
设计变更可能会直接增减清单的项目，或因设计变更改变了某项目的部分工作内容，而演变出新的清单项目，或清单提供的工程量可能存在计算错误，或设计变更直接引起工程数量的变化等；
三、计费基数的变化引起的费用变化问题
首先是分部分项工程量（工程实体部分）的数量变化，引起措施费因计算基数的变化而改变。因为工程实体的数量与措施费用直接相关，例如：实体项目混凝土的表面积与措施项目模板数量有关；实体项目基础的深度与措施项目施工降水有关；实体建筑物的高度与措施项目脚手架和垂直运输机械有关等等。其次是分部分项工程量的数量变化和措施费的变化，引起规费和税金因计算基数的变化而改变。因为工程实体和措施费用的价值与规费和税金的确定有关，前者为后者的计算基础。
四、材料价格变化问题
在施工合同履行期间，列入综合单价之中的招标人自购材料价格发生变化，或投标人报价综合单价中的材料价格发生变化，或遇工程造价管理部门公布价格调整等。
不难看出，出现上述情况均会引起承包价格的变化，对于这些变化因素，施工单位应当利用合同签订之前的这段时间对合同条款进行认真研究，根据发生上述情况的可能性，把相应的预防措施和解决办法利用合同专用条款中的“合同价款及调整”等条款加以约定，从而避免结算时不得不承担本可以避免的风险。例如：对于材料价格的变化，应当约定可以调整的变化范围、幅度，以及调整的具体办法等。虽然《计价规范》第4.0.9条，对合同中综合单价的调整作出了相应的规定，但这些规定均是以施工合同没有预先约定为前提的。如果施工合同当事人双方事前对上述有关问题作出了专门的约定，并以合同专用条款的形式载入施工合同之中，在工程结算或审查，以及发生经济纠纷进行司法鉴定时，则应当从约。
签订施工合同之后至工程结算之前为应用《计价规范》的第三阶段。对于经过以上两个阶段仍然没有考虑到的问题，则应当根据《合同法》和《计价规范》中有关工程结算的原则处理。工程结算是合同履约在经济方面的结果，如果施工企业能够按《计价规范》的要求科学合理地计价报价，根据合同法的有关规定，严肃认真地签订施工合同，发生经济纠纷或经济损失的可能性就会相当小些。
值得我们注意的是，在以上应用《计价规范》的三个阶段中，无论是投标报价，还是订立合同，或是工程结算，“企业定额”都应起到重要作用，而目前我国大部分施工企业的这个环节不非常薄弱。因此，国家应在施工企业制订企业定额方面给予大力扶持和鼓励。并可逐步将施工企业是否拥有并使用自己的“企业定额”，作为衡量其业绩和资质评审的指标之一。从某种意义上说，在评标办法、合同管理、结算制度等外部环境逐步得到改善的条件下，评价工程量清单计价制度是否真正得到推行；《计价规范》是否真正得以贯彻；工程造价计价方法是否与国际通行的作法接轨，在于“企业定额”的普及程度。工程量清单计价制度推广普及之日，应当是施工企业的“企业定额”成熟之时。
总之，《计价规范》的执行过程，贯穿于工程计价的各个阶段之中。建筑施工企业在这个过程中应当认真研究、熟练掌握《计价规范》，了解市场价格信息，积极研究制定适合本企业的“企业定额”，同时还要认真研究并运用好施工合同这个“武器”。只有这样，才能够应用好《计价规范》，也才能尽快适应工程量清单计价这样一种新的计价模式。
